В то время единственный православный храм в Судаке находился на территории крепости. Но добираться туда было далеко, потому что поселок находился в глубине долины, на довольно большом расстоянии от нее. Местные помещики решили строить церковь на добровольные пожертвования и ежегодно собирать средства для содержания священника, дьяка и пономаря, а также на текущие нужды. Для храма жертвовали не только деньги: 19 мая 1814 года купец третьей гильдии Яни Лазарев завещал храму виноградник и дом в Таракташе.
20 сентября 1819 года состоялась торжественная закладка церкви, на мраморной плите сделали надпись: «Во имя Покрова Пресвятыя Богородицы. Сооружен сей храм от воплощения Бога Слова в 1819 году, сентября 20 дня. Дому Твоему подобает святыня Господи в долготу дней. Приидете и поклонимся, и припадем Ему и восплачемся пред Господом, сотворившим нас». Эту плиту вмонтировали в западную стену храма над дверью.
Первым священником Покровской церкви в Судаке стал Тарасий Дмитриевич Дмитриев, грек по происхождению. Он умер в 1847 году и похоронен с северной стороны от алтаря. Раньше на могиле стоял крест, но сегодня ничто не указывает на захоронение. С южной стороны погребен майор Иоанн Евстафьевич Фирфири. Он завещал храму 3 десятины 407 сажен земли и два виноградника. Надпись на могильной плите сообщала: «Здесь покоится вечный слуга Бога Иоанн Евстафьевич Фирфири, поддержавший мысль и строительство этой самой церкви. Скончался 84 лет, 1820 года, декабря 9. Судак. Защитник Отечества». Рядом с отцом Тарасием к северу от алтаря похоронена жена нового священника Иосифа Иванова, умершая в 1882 году.
За долгие годы храм претерпел архитектурные изменения. Купол колокольни оказался слишком тяжелым, из-за этого в 1858 году по стенам пошли трещины. Пришлось разобрать каменный восьмерик, на котором был установлен шпиль колокольни, и заменить его деревянным. 5 марта 1861 года церковь Покрова Пресвятой Богородицы была вновь освящена игуменом Парфением.
Храм в Судаке не однажды посещали представители императорской семьи. В 1868 году здесь побывала Императрица Мария Александровна с дочерью Марией, сыном, будущим Императором Александром III, и его супругой Марией Федоровной. В 1912 году Император Николай II по дороге в Новый Свет сделал остановку в Судаке и посетил церковь. Сопровождавший его князь Л. С. Голицын обратил внимание царя на ветхость храма, пострадавшего при землетрясении 29 сентября 1869 года, и Государь выделил деньги на ремонт.
Церковь Покрова Пресвятой Богородицы в Судаке оставалась действующей до 1936 года. В последние годы в храме служил священномученик Иоанн Блюмович расстрелянный в 1938 году.
В здании закрытого Покровского храма собирались устроить пионерский клуб, поэтому разрушили колокольню. Однако вскоре началась Великая Отечественная война, Крым был оккупирован немцами, которые, для того чтобы расположить к себе население, часто открывали православные храмы. В Судакской церкви тоже возобновились Богослужения. Но после освобождения города советскими войсками в 1944 году вдруг оказалось, что храм не зарегистрирован, в нем нет священника, поэтому он снова перестал быть действующим. Богослужения возобновились в 1945 году и продолжались почти двадцать лет. В 1962 году здание храма Покрова Пресвятой Богоматери передали Судакской средней школе для организации в нем Дворца пионеров. В 80-е годы здесь находилась мастерская по ремонту телевизоров.
Вернули храм Православной Церкви в 1990 году.
